RESUM
INTRODUCCIÓ
MATERIALS i MÈTODES
RESULTATS
DISCUSSIÓ
CONCLUSIONS
REFERÈNCIES
 
 
Resum
 


L’objectiu d’aquest estudi és identificar selenoproteïnes en el genoma del mamífer Orycteropus afer.Les selenoproteïnes són un conjunt de proteïnes que contenen selenocisteïna (Sec), una cisteïna que ha substituït el seu àtom de Sofre per un àtom de Seleni. Aquest aminoàcid es caracteritza per estar codificat pel codó UGA, triplet que normalment és interpretat com un codó STOP. En el cas de les selenoproteïnes, existeix una maquinària especialitzada i un grup d’estructures 3D anomenades SECIs, que permeten la correcta síntesi de la proteïna amb la inserció de la Sec a la seqüència proteica.

El fet que la Sec estigui codificada per un codó STOP fa que la seva anotació sigui complicada i sovint errònia. El nostre grup ha generat un conjunt de programes perl i bash que faciliten la predicció i anotació d’aquestes en el genoma de l’organisme estudiat, utilitzant programes com el BLAST, Exonerate i T-Coffee, i a partir de seqüències de referència (querys) humanes i d’elefant (Loxodonta africana). A més, l’anàlisi s’ha complementat amb la cerca d’estructures SECIS gràcies al programa SeciSearch i de la maquinària de síntesi específica per a selenoproteïnes.

Finalment, hem aconseguit identificar en el genoma de l’Orycteropus afer 21 selenoproteïnes, 16 homòlegs en cisteïna i tota la maquinària necessària per a la síntesi de selenoproteïnes.

 

 
Abstract
 


The aim of this study is to identify selenoproteins in the genome of mammalian Orycteropus afer. Selenoproteins are a group of proteins that contain selenocystein (Sec), a cysteine that has replaced its sulphur atom for selenium one. This amino acid is encoded by the UGA codon, which normally is read as a STOP codon.Regarding selenoproteins, there are specialized machinery and a group of 3D structures, called SECIs elements, which enable the correct synthesis of the protein with the insertion of the Sec in the amino acid sequence.

The fact that Sec is encoded by an STOP codon makes its annotation a difficult step and often a mistaken one. Our group has generated different perl and bash programmes that facilitate the prediction and annotation of these proteins in the studied organism genome. We have accomplished it by using programmes like BLAST, Exonerate and T-coffee and the reference sequences (querys) of humans and elephant (Loxodonta africana). Moreover, searching for SECIs elements with the SecisSearch programme and looking for the specific machinery needed for the synthesis of selenoproteins has complemented this analysis.

Finally, we have identified 21 selenoproteins in the Orycteropus afer genome, 16 cysteine homologs and all the necessary machinery for the synthesis of selenoproteins.

 




     
     
   
 
Agra´ments
Contacta'ns