BIOINFORMÀTICA, 
un curs d'anàlisi de seqüències


Identificació de l'assignatura

Bioinformàtica. Teoria: 18 hores. Seminaris: 36 hores. Practiques: 12 hores 25 crèdits teòrics + 60 crèdits pràctics

Coordinació i professorat

Coordinació: Roderic Guigó i Serra (teoria), i Robert Castelo (pràtiques); Professorat: Roderic Guigó, Robert Castelo, Cedric Notredame i Toni Gabaldón

Objectius generals

  1. Educar els estudiants de biologia en la comprensió i utilització dels mètodes d'anàlisi computacional de les seqüències biològiques.
  2. Es farà particular èmfasi en els problemes de l'alineament de seqüències, recerca de similaritat en les bases de dades, i identificació de dominis funcionals en seqüències de DNA i proteïnes, i en l'anàlisi comparatiu de genomes.
  3. Introduir els estudiants en el camp dels algoritmes i de la computació.
  4. Introduir els estudiants en el sistema operatiu unix/linux i en la programació en el llenguatge perl.

Avaluació dels aprenentatges

El 60% de la qualificació final s'obtindra a partir d'una prova teòrica. El 40% restant s'obtindrà a partir de l'el.laboració d'un treball pràctic, el qual consistirà fonamentalment en la resolució d'un problema d'anàlisi de seqüències genòmiques. La resolució del problema pot comportar la implementació d'un petit programa en el llenguatge perl.

Projectes (curs 2001-2002)

Projectes (curs 2002-2003)

Projectes (curs 2003-2004)

Projectes (curs 2004-2005)

Projectes (curs 2005-2006)

Projectes (curs 2006-2007)

Projectes (curs 2007-2008)

Projectes (curs 2008-2009)

Projectes (curs 2009-2010)

Projectes (curs 2010-2011)

Projectes (curs 2011-2012)

Projectes (curs 2012-2013)

Projectes (curs 2013-2014)

Projectes (curs 2014-2015)

Projectes (curs 2015-2016)

Projectes (curs 2016-2017)

Projectes (curs 2017-2018)

Hores de consulta

Roderic Guigó: concertar amb un email a roderic.guigo at crg.cat

Robert Castelo: concertar amb un email a robert.castelo at upf.edu

Cedric Notredame: concertar amb un email a cedric.notredame at crg.cat

Toni Gabaldón: concertar amb un email a toni.gabaldon at crg.cat


Calendari de teoria

T1. Introducció a la Bioinformàtica

Professor: Roderic Guigó

T2.Comparació de seqüències en el contex evolutiu

Professor: Cedric Notredame

T3. Comparació de seqüències en el contex evolutiu

Professor: Cedric Notredame

T4. Matrius de substitució

Professor: Cedric Notredame

T5. Introducció a la programació dinàmica

Professor: Cedric Notredame

T6. Introducció a la programació dinàmica

Professor: Cedric Notredame

T7. Recerques de similaritat en bases de dades (BLAST)

Professor: Cedric Notredame

T8. Recerques de similaritat en bases de dades (BLAST)

Professor: Cedric Notredame

T9. Alineament múltiple de seqüències

Professor: Cedric Notredame

T10. Alineament múltiple de seqüències

Professor: Cedric Notredame

T11. Alineament múltiple de seqüències

Professor: Cedric Notredame

T12. Reconeixement de patrons en seqüències

Professor: Roderic Guigó

T13. Reconeixement de patrons en seqüències

Professor: Roderic Guigó

T14. Reconeixement de patrons en seqüències

Professor: Roderic Guigó

T15. Estadístics codificants

Professor: Roderic Guigó

T16. Predicció de gens

Professor: Roderic Guigó

T17. Recerca de selenoproteines en organismes eucariotes

Professor: Roderic Guigoó

T18. Recerca de selenoproteines en organismes eucariotes

Professor: Aida Ripoll; Didac Santesmasses; Roderic Guigó

Calendari de seminaris

S1. Unix I. Introducció al sistema operatiu UNIX

Professor: Robert Castelo

S2. Introducció als algorismes (I)

Professor: Robert Castelo

S3. Unix II. Comandes i manipulacions bàsiques d'arxius a UNIX

Professor: Robert Castelo

S4. Introducció als algorismes (II)

Professor: Robert Castelo

S5. Problemes d'algorismes (I)

Professor: Robert Castelo

S6. Unix III. Comandes i manipulacions avançades d'arxius a UNIX

Professor: Robert Castelo

S7. Problemes d'algorismes (II)

Professor: Robert Castelo

S8. Perl I. Perl bàsic

Professor: Robert Castelo

S9. Perl II. Perl bàsic

Professor: Robert Castelo

S10. Perl III. Vectors i processament de múltiples línies en Perl

Professor: Robert Castelo

S11. Perl IV. Programació dinàmica

Professor: Cedric Notredame

S12. Recerques de similaritat en bases de dades (BLAST)

Professor: Cedric Notredame

S13. Elaboració de pàgines Web

Professor: Toni Gabaldón

S14. Anotació de genomes (I)

Professor: Toni Gabaldón

S15. Anotació de genomes (II)

Professor: Toni Gabaldón

S16. Genome Browsers

Professor: Toni Gabaldón

S17. El Projecte ENCODE

Professor: Roderic Guigó

S18. Long Non-Coding RNAs

Professor: Rory Johnson

Presentacio de Treballs


Calendari de practiques

P1. Supervisió de Projectes

P2. Supervisió de Projectes

P3. Supervisió de Projectes

P4. Supervisió de Projectes

P5. Introducció al món Viquipedia

Professor: Toni Hermoso Pulido, CRG. Bioinformatic especialista en web a biocore.crg.cat. Membre de WM-CAT (viquimedia.cat)

P6. Supervisió de Projectes


Assignació de treballs per grups

Per a cada grup hi ha indicat el nom i correu electrònic de la persona que oficialment us supervisarà el treball. Malgrat aquesta assignació, a les sessions de pràctiques us podeu adreçar a qualsevol de les persones que estiguin fent de supervisors. Els estudiants estan assignats als differents grups d'acord amb la informació facilitada per la secretaría de la facultat.


RECURSOS PER LES PRÀTIQUES:

  • Informació pràctiques


  • Viquiprojecte: Curs Bioinformàtica UPF 2018


  • LLISTAT D'ESTUDIANTS (Subgrups):

  • Subgrups estudiants Biologia Humana (UPF 2018)



  • Group Subgroup Supervisor E-mail Specie
    Group 101

    1

    Laia Carrete laia.carrete@crg.eu Helostoma temminkii

    2

    Fernando Cid fernando.cid@crg.eu Chelonoidis abingdonii

    3

    Marta Badia marta.badia.mb@gmail.com Casuarius casuarius
    Group 102

    4

    Marina Marcet-Houben Marina.Marcet-Houben@crg.eu Xiphophorus hellerii

    5

    Diego Garrido diego.garrido@crg.eu Pseudonaja textilis

    6

    Aida Ripoll aida.ripoll@crg.eu Danionella dracula
    Group 103

    7

    Miquel Angel Schikora miki.s.t@hotmail.com Notechis scutatus

    8

    Cinta Pegueroles cinta.pegueroles@crg.eu Urocitellus parryii

    9

    Toni de Dios tonidedios94@gmail.com Callorhinus ursinus
    Group 104

    10

    Irene Julca irene.julca@crg.eu Neophocaena asiaeorientalis

    11

    Cecilia Klein cecilia.klein@crg.eu Mus spicilegus

    12

    Uciel Chorostecki uciel.chorostecki@crg.eu Prolemur simus
    Support supervisor

    -

    Estefania Mancini estefania.mancini@crg.eu

    -


    Bibliografia General (llibres)


    Documents accessibles a traves de Internet

    Roderic Guigo Serra

     

     

    L'adreça d'aquesta pàgina:   http://bioinformatica.upf.edu

    Darrera Actualització:   $Date: Tue Sep 27 14:23:49 CEST 2016